En lo alto de la Torre de los Cielos Gemelos, , el verdadero líder del Equipo Plasma, reveló su plan: usar a Zekrom para gobernar Unova bajo el pretexto de "libertad". Pero Zekrom no elige a quien odia a los Pokémon, sino a quien busca un futuro real .
N, ahora libre de mentiras, liberó a su Zekrom. "Gracias por mostrarme que el mundo no es blanco o negro" , dijo antes de desaparecer.
Viajando por Ciudad Porcel y el Bosque Azul, Sergio escuchó el discurso de , el misterioso rey del Equipo Plasma: "Los Pokémon son esclavos. Liberarlos es justicia."
El rayo de Zekrom iluminó la cámara. Tropius Jr. evolucionó a Serperior, y ambos —entrenador y Pokémon— se fundieron en un instinto perfecto. La batalla final contra Ghechis duró una hora. Cuando su Hydreigon cayó, el castillo flotante de Plasma se derrumbó.